Во „Макпетрол” А.Д. Скопје е имплементиран интегриран систем за управување со квалитетот и животната средина (IMS), согласно со барањата на стандардите ISO 9001: 2000 и ISO 14001:2004.

Системот за квалитет според ISO 9001:2000, со процесна ориентација е цертифициран во 2004 година. Од цертификациониот аудит досега системот за квалитет се применува во практиката во сите процеси на „Макпетрол” А.Д. Скопје. Во 2004 година е воведен и системот за управување со заштита на животната средина ( ISO 14001:2004) што е интегриран со системот за квалитет во еден интегриран систем за менаџмент со квалитет и екологија.

Според стандардот ISO EN 17 025 е акредитирана Лабораторијата на „Макпетрол” А.Д. Скопје, каде што се извршуваат испитувања на квалитетот на горивата.